La maggior parte degli arrestati venne concentrata in alcune località di raccolta e soprattutto a Pisino, città posta al centro della penisola istriana e tradizionalmente considerata dagli slavi la culla della croaticità istriana; qui si celebrarono i processi sommari, condotti senza particolare scrupolo per l'accertamento di responsabilità criminose e conclusi quasi sempre con la condanna a morte, l'esecuzione - in genere collettiva - e l'occultamento dei corpi nelle cavità ovvero, nelle località costiere, con la dispersione in mare delle spoglie. Sembra che le fucilazioni sull'orlo delle foibe venissero condotte in modo da precipitare nelle voragini anche condannati ancora vivi. Il ritmo delle eliminazioni si accelerò bruscamente agli inizi di ottobre quando, costrette ad abbandonare il campo di fronte all'offensiva generale delle truppe tedesche, le "autorità popolari" preferirono non lasciarsi dietro scomodi testimoni e procedettero alla liquidazione in massa dei prigionieri, con una decisione che si collocava tra la volontà di condurre una guerra a oltranza in cui non vi era posto per la pietà, e la criminalità politica vera e propria.
Diverse logiche si sommarono dunque nel dar vita agli eccidi. La distruzione dei catasti da parte dei contadini croati, i linciaggi, le violenze - anche di gruppo - a carico di ragazze e donne incinte, la stessa efferatezza delle esecuzioni, spesso accompagnate da sevizie, ci restituiscono infatti il clima di una selvaggia rivolta contadina, con i suoi improvvisi furori e la commistione di odi politici e personali, di rancori etnici, familiari e di interesse. Ciò non significa però che negli avvenimenti, certo confusi, di quei giorni non siano ravvisabili anche clementi significativi di organizzazione. Dietro il giustizialismo sommario e tumultuoso, i regolamenti di conti interni al mondo rurale istriano, il parossismo nazionalista, gli stessi aspetti di improvvisazione evidenti nella repressione, non è difficile insomma scorgere gli esiti di un progetto, per quanto disorganico e affrettato: un progetto rivolto alla distruzione del potere italiano sull'entroterra istriano e alla sua sostituzione con il contropotere partigiano, portatore di un disegno annessionistico della regione alla Croazia e, quindi, alla Jugoslavia. Si trattava in questo caso di un nuovo potere di natura rivoluzionaria, intenzionato a mostrare la propria capacità di vendicare i torti, individuali e storici, subiti dai croati dell'Istria, e al tempo stesso di coinvolgere e compromettere irrimediabilmente la popolazione slava in una guerra senza quartiere contro gli italiani, equiparati tout court ai fascisti, che veniva considerata la premessa indispensabile per il ribaltamento degli equilibri nazionali e sociali nella penisola.

Nei primi giorni di maggio del 1945 le truppe jugoslave (partigiani dei IX corpo d'armata e unità regolari della IV armata) occuparono tutto il territorio della Venezia Giulia, accolsero la resa dei reparti tedeschi e della Repubblica di Salò e, secondo una prassi correntemente messa in atto da un esercito vittorioso nei confronti degli avversari in anni, procedettero all'internamento di tutti i militari catturati. Durissimo peraltro fu il trattamento inflitto ai prigionieri, molti dei quali perirono di stenti o furono liquidati nei campi di concentramento - particolarmente famigerato fu quello di Borovnica - e durante le marce di trasferimento, che si trasformarono sovente in marce della morte.
Non tutti i militari però vennero deportati. Specialmente nella prima decade del mese numerose. presumibilmente alcune centinaia, furono le esecuzioni sommarie, compiute in genere subito dopo la cattura e decise non solo senza previo accertamento, mia talvolta anche. senza vero interesse per la ricerca di effettive responsabilità personali in atti criminosi; ciò che contava, infatti, nel caso dei militari, non era tanto il riconoscimento individuale di responsabilità, quanto la colpa collettiva, che veniva fatta automaticamente derivare dall'appartenenza alle forze armate naziste e repubblichine. La medesima linea di condotta venne applicata anche agli appartenenti alle forze di polizia, per i quali la presunzione di colpevolezza discendeva direttamente dall'inserimento nell'apparato repressivo nazifascista, tanto che i procedimenti nei loro confronti assunsero una valenza più simbolico-politica che giudiziaria.
Tutto ciò non implica, naturalmente, che fra gli uccisi non vi fossero effettivamente anche professionisti della violenza, protagonisti di rappresaglie e sevizie, spie - anche slovene e croate - e aguzzini del famigerato Ispettorato speciale di pubblica sicurezza per la Venezia Giulia, il cui sistematico ricorso alla tortura era già stato oggetto di forti denunce, anche da parte del vescovo di Trieste, e ciò fin dalla primavera 1943. In quest'ultimo caso si trattava di soggetti che avrebbero probabilmente fatto la medesima fine anche se ad assumere il controllo del territorio non fossero state le truppe jugoslave ma i partigiani italiani: difatti, il più efferato dei responsabili dell'Ispettorato, il vicecommissario Gaetano Collotti, fuggito per tempo da Trieste, venne fermato a Treviso, identificato dall'avvocato triestino Pietro Slocovich e fucilato sul posto.
In linea di massima però il criterio di fondo degli arresti, e in parte anche delle liquidazioni, si fondava più sulla categoria che sull'individuo, sulla responsabilità collettiva piuttosto che su quella individuale, e a essere travolti dalla repressione furono in maggior misura i quadri intermedi che non i vertici della Questura di Trieste; parzialmente diversa fu la situazione a Gorizia, dove, assieme a carabinieri e agenti di polizia, scomparve anche il questore.
Sempre nella logica dell'eliminazione delle forze armate esistenti sul territorio, rientra anche la deportazione delle unità della Guardia di finanza, che non avevano partecipato ad azioni antipartigiane, e di molti membri della Guardia civica di Trieste, che certamente era stata dipendente dai comandi tedeschi, ma non era stata impiegata in attività repressive, con l'eccezione di un reparto che venne adibito alla scorta di deportati in Germania, forse lo stesso che venne utilizzato in appoggio a un rastrellamento in un quartiere operaio della città a pochi giorni dalla fine della guerra. Per di più, entrambe le formazioni erano state largamente infiltrate dall'organizzazione militare dei Comitato di Liberazione nazionale (CLN) e avevano partecipato sotto i suoi comandi all'insurrezione contro i tedeschi. Si trattava quindi, quantomeno, di "nemici" assai particolari.
Ma se nei loro riguardi si potrebbe pensare a una sorta di diffidenza verso gli antifascisti dell'ultima ora, tale ipotesi non regge di fronte all'arresto anche di alcuni membri delle brigate partigiane italiane dipendenti dal (IN di Trieste, i cui combattenti furono spesso considerati alla stessa stregua dei militari germanici e della Repubblica sociale. La circostanza però è meno incomprensibile di quanto non sembri a prima vista perché, in effetti, le fonti ci rivelano in maniera assai esplicita come i dirigenti comunisti sloveni non intendessero in alcun modo tollerare l'esistenza di strutture politiche e forze militari, quelle appunto facenti capo al CLN, che non solo non erano disponibili ad accettare la guida politica e la subordinazione pratica al Movimento di liberazione jugoslavo, ma che, per di più, si erano impegnate a cercare, mediante l'insurrezione armata, un'autonoma legittimazione antifascista agli occhi della popolazione e degli angloamericani.

dazioni, dei militari italiani si occupò direttamente la IV armata jugoslava, mentre la protagonista delle retate di civili fu l'OZNA, la polizia politica e di sicurezza, col concorso della Difesa popolare, una milizia paramilitare agli ordini del Consiglio di liberazione. Parteciparono agli arresti anche forze armate jugoslave, e pure qualche piccolo reparto della divisione "Garibaldi-Trieste". L'OZNA agiva in base al mandato conferitole nell'autunno del 1944 dai vertici del Partito comunista sloveno e poteva servirsi di una vasta rete di confidenti, italiani e sloveni, già da mesi impegnati a stendere lunghe, anche se non sempre precise, liste di presunti "nemici del popolo". Come si è già detto a proposito della crisi dell'autunno 1943, era questa una categoria dai contorni indefiniti nella quale, nella primavera del 1945, finì per confluire un gran numero di soggetti.
Ovviamente, bersagli della repressione furono gli esponenti del fascismo e del collaborazionismo locale, anche se in realtà i leader del PFR avevano preso in genere per tempo la fuga, mentre i vertici delle amministrazioni insediate dai tedeschi vennero arrestati e fatti sparire a Gorizia, ma non a Trieste; rispetto ai personaggi di rilievo, con maggior accanimento vennero ricercati i "pesci piccoli", gli ex squadristi in genere ben conosciuti dalla popolazione. La persecuzione si abbatté largamente sui dirigenti delle forze politiche italiane e slovene diverse dal Partito comunista, e su di un gran numero di soggetti ritenuti per i più diversi motivi "pericolosi" nell'ottica dei nuovi poteri. Poteva trattarsi di persone che si erano in qualche modo rese invise al Movimento di liberazione jugoslavo, rifiutandosi per esempio di collaborare con esso o semplicemente esprimendo la propria disapprovazione nei confronti dei suoi obiettivi e metodi, o che avevano compiuto in passato scelte politiche di stampo patriottico quando non esplicitamente fascista (per le autorità jugoslave ciò non faceva molta differenza), dalla partecipazione come volontario irredento alla Grande guerra o a quelle di Spagna e d'Abissinia; oppure, ancora, che si erano rifiutate di esporsi in favore del nuovo regime, per esempio negando la loro firma alle petizioni in favore della Jugoslavia promosse dai "poteri popolari". Allo stesso modo vennero colpiti clementi che detenevano posizioni importanti nell'economia e nella società triestina, o, più frequentemente, che avevano ricoperto qualche incarico in una delle tante organizzazioni di massa del regime fascista. In ogni caso, si trattava di individui dai quali il nuovo regime poteva attendersi un atteggiamento d'opposizione o anche soltanto di sicuro dissenso nei confronti dell'annessione alla Jugoslavia e della costruzione di uno stato comunista, e ciò non sembrava in alcun modo tollerabile.
Anche i civili che sopravvissero alle uccisioni concentrate soprattutto nelle due prime settimane di maggio, furono deportati nei campi di prigionia, diversi rispetto a quelli in cui venivano convogliati i militari ma non certo migliori in quanto fame e malattie decimarono i detenuti, alcuni dei quali furono successivamente processati subendo condanne, anche capitali, comminate dai tribunali jugoslavi fino al 1947. Non sempre alla gravità delle accuse mosse agli arrestati (squadrismo, collaborazionismo, persecuzione degli slavi, delazioni a carico di partigiani, ostilità manifesta nei confronti del Movimento di liberazione jugoslavo, spionaggio a favore dell'Italia, ecc.) corrispose un reale impegno delle autorità nella ricerca di prove a carico dei detenuti e nemmeno, in numerosissimi casi, un effettivo interesse a verificare la loro posizione; una circostanza, questa, che suggerisce come l'obiettivo principale della repressione non fosse tanto di ordine giudiziario, e cioè la punizione di colpevoli, quanto politico, vale a dire l'eliminazione di individui e gruppi ritenuti pericolosi.

Complessivamente si ritiene che fra Trieste e il goriziano vennero arrestate in poche settimane circa diecimila persone; si trattava di una cifra elevata e le dimensioni delle retate, unite all'incertezza sulla sorte degli arrestati, che alla luce della precedente esperienza delle foibe istriane era intesa nel modo più tragico, seminò il panico fra la popolazione italiana. Ciò finì per allarmare le stesse autorità civili jugoslave, che compresero come l'ondata di terrore scatenata nelle città giuliane avrebbe scavato un solco incolmabile fra i nuovi poteri e la maggioranza della popolazione, e si attivarono perciò al fine di contenere gli arresti e di ottenere informazioni sulla sorte dei prigionieri. Nel far questo, peraltro, esse non esprimevano una strategia alternativa rispetto a quella della repressione preventiva, bensì soltanto una preoccupazione di natura tattica, destinata a rimanere inascoltata (salvo il buon esito di qualche singolo intervento a favore di noti antifascisti italiani) di fronte all'assoluta priorità che i vertici del Partito comunista sloveno e di quello croato conferirono in ogni circostanza alle esigenze di controllo totale del territorio, a qualsiasi costo, rispetto alla ricerca del consenso. Come scrisse il leader comunista sloveno Edvard Kardelj ai dirigenti impegnati a costruire il nuovo potere a Trieste e Gorizia, era meglio non concedere subito troppa democrazia, perché poi sarebbe stato difficile fare marcia indietro.